Dans le cadre de l'IFR49 (http://ifr49.org), des équipes
pluridisciplinaires en neurosciences regroupent leurs travaux et leurs
développements algorithmiques afin de les partager et d'enrichir leur plate-forme commune, BrainVISA (http://brainvisa.info). Cet environnement de travail, disponible gratuitement et fonctionnant sous Linux, Mac et Windows, est à la fois une collection d'outils et un environnement de développement multiplateforme.
Cet environnement intègre à la fois des outils généralistes de traitement
d'images (visualisation 3D interactive, morphologie mathématique, recalage,
etc.) et des outils spécialisés pour le traitement et la visualisation de
plusieurs modalités d'imagerie: IRM anatomique, IRM de diffusion, EEG-MEG,
histologie, IRM fonctionnelle, TMS, etc.
BrainVISA est proposé avec le logiciel Anatomist, outil de visualisation
et de manipulation avancé pour la neuroimagerie. Anatomist permet la
visualisation et l'intéraction en temps réel de plusieurs types d'objets:
images 2D, 3D ou 4D, régions d'intérets, maillages, objets structurés, etc.
Ces objets peuvent être combinés entre eux par superposition ou fusion en
s'appuyant sur un systèmes de gestion des référentiels de coordonnées et
des transformations entre ces référentiels.
Des efforts particuliers, d'ergonomie, de documentation et de robustesse
des algorithmes, sont réalisés pour rendre les outils spécialisés
accessible au plus grand nombre. Un système de gestion des données permet
d'automatiser la sélection des entrées/sorties par l'utilisateur. Cela
permet, par exemple, d'automatiser un nombre important de traitements et
d'obtenir en quelque clics de souris, à partir d'une IRM pondérée en T1,
les segmentations du cerveau, des hémisphères, du cortex, des sillons
corticaux, etc. |